La tortura es un acto basado en el abuso de poder, y la discriminación de género facilita formas de tortura y penas crueles o degradantes. Amnistía Internacional denuncia la situación de Yemen, China, Irán, Zimbawe o Bahrein, donde se han documentado casos de tortura como los de Aayat Alqomorzi, que recibió descargas eléctricas en el rostro después de ser detenida por recitar poemas alusivos al rey durante las protestar de 2011.
Durante la Primavera Árabe, la discriminación de género también propició casos de vejaciones y torturas en Egipto. Cuando el ejército desalojó a los manifestantes de la plaza Tahrir de El Cairo en marzo de 2011, 17 mujeres fueron detenidas y sometidas a "pruebas de virginidad", que están reconocidas como una forma de tortura. A finales de 2011, un tribunal administrativo determinó estas "pruebas de virginidad" ilegales y ordenó a las fuerzas armadas que dejaran de hacerlas.
Amnistía Internacional denuncia que las mujeres y las niñas son las principales víctimas de tortura en los conflictos armados. La violencia sexual se utiliza como instrumento de terror y tortura, y las mujeres tratadas como objeto de intercambio, esclavas o soldados. Actualmente, la República Democrática del Congo y Costa de Marfil son los principales focos de este tipo de tortura. Pero además, la expansión de prácticas como la mutilación genital femenina, la esterilización forzada o la restricción del acceso al aborto afectan también a mujeres y niñas de todo el mundo.
En otras ocasiones, es la orientación sexual y la identidad género la causa de tortura o violación de los derechos humanos. En Uganda, ser homosexual es un delito que se castiga con la cadena perpetua y los activistas son perseguidos y torturados, y en Honduras, el colectivo GLBTI es víctima de constantes malos tratos y los homicidios de mujeres transexuales.
Para acabar con la discriminación y la tortura, Amnistía Internacional recomienda que los Estados eliminen toda norma discriminatoria a fin de proteger a los colectivos que más sufren la tortura y a la sociedad en general, así como acabar con las detenciones ilegítimas, no aceptar pruebas obtenidas bajo tortura y asegurar que las víctimas tienen acceso a la justicia y a una reparación plena.