El Programa Profarma 2009-2012 fomenta la competitividad en la Industria Farmacéutica, clasificando a las empresas en función de su excelencia en diferentes aspectos industriales, económicos y de investigación y desarrollo. Su objetivo es favorecer la modernización del sector y potenciar aquellas actividades que aportan un mayor valor añadido que reviertan en inversiones en nuevas plantas industriales, así como en nuevas tecnologías.
Lilly, incluida en el Grupo A del Programa Profarma, cuenta en España con un centro de I+D y una planta de producción. La actividad de investigación preclínica se realiza en el Centro de Investigación en Química Médica y en el Laboratorio Europeo de Bioquímica y Biología Celular, inaugurado en 2009, donde los investigadores trabajan en red con los otros tres centros de I+D que la compañía tiene en todo el mundo. El 20% de la plantilla de Lilly en España se dedica a tareas de investigación.
